Pessoal, nunca encontro uma verdadeira e clara diferenciação entre backup incremental e diferencial.
A melhor explicação que encontrei até agora foi esta:
"Sempre o indico para Backup e quem vai configurá-lo sempre me pergunta: Qual a diferença de Backup Diferencial e Incremental?
*Backup = Cópia de Segurança.
Para ficar mais fácil a explicação é necessário saber como o programa sabe que algo mudou. Existe então dentro do arquivo uma informação dizendo, ele foi mudado no dia X. Aqui está a grande diferença do backup Incremental e Diferencial.
O Backup Incremental lê essa informação e depois da cópia apaga a informação. Ou seja, num próximo backup o programa não será copiado de novo, já que não tem a informação de modificação. É claro que se você modificar o arquivo a informação de modificação estará lá e a cópia será feita.
O Backup Diferencial lê essa informação e depois da cópia não apaga a informação sobre modificação, ou seja, sempre que houver um novo Backup Diferencial, mesmo que o arquivo não seja modificado uma segunda vez haverá uma nova cópia do arquivo.
Com isso, o backup diferencial gasta mais espaço em disco porque numa tarefa semanal de backup, por exemplo, mesmo que um arquivo não seja modificado numa segunda vez, ele fará o backup.
E por aí, entendemos, porque nos programas de backup tem a opção: Fazer Backup Completo após X dias do Backup Diferencial ou Incremental. Alguns programas como o Cobian, no backup completo, apaga a informação de modificação do arquivo, como o Backup Incremental faz.
Se você então fizer um Backup Diferencial depois ele só vai copiar o que realmente for modificado.
Só lembrando também que esses tipos de Backup não apagam arquivos se você apagar na pasta de origem! Senão não seria um Backup, certo?"
Fonte: http://www.rwa.com.br/blog/2011/10/27/diferenca-entre-backup-diferencial-e-incremental/