É incompatível trabalhar na JE e ser filiado a partido, observe que a lei prevê a desincompatibilização de funções como requisito de elegibilidade justamente para se afastar a possibilidade de cometimento de ilicitudes que podem comprometer a lisura do pleito e a real democracia nacional. Por conta do poder que certas autoridades têm, em algumas hipóteses é necessário um afastamento prévio à disputa eleitoral para determinados cargos justamente para se preservar a idoneidade da disputa, uma "paridade de armas" por assim dizer.
Seguindo essa lógica, se até mesmo um professor estatutário deve ser afastar 6 meses antes das eleições para concorrer a cargo de vereador, para que não venha a se utilizar do cargo, função e até mesmo facilidades decorrentes deste, imagine ao servidor, magistrado e inclusive estagiários da Justiça Eleitoral que têm acesso privilegiado ao processo eleitoral, como, alistamento, AIME, AIJE, entre outros.
Por isso, o legislador instituí mecanismo de incompatibilização absoluta entre Justiça Eleitoral e filiação partidária ->
CE. Art. 366. Os funcionários de qualquer órgão da Justiça Eleitoral não poderão pertencer a diretório de partido político ou exercer qualquer atividade partidária, sob pena de demissão.
Bom, enquanto funcionários da JE, o impedimento torna impossível ser investido em cargo público, tendo em vista não reunir a integralidade de requisitos de elegibilidade, como a FILIAÇÃO PARTIDÁRIA. Art. 14, §3, V, CF.