Achei essa explicação bem didática, com exemplos para memorização (aulas do didier):
A regra geral da produção de coisa julgada: A coisa julgada é pro et contra – Significa dizer que a coisa julgada surgirá independentemente do resultado do processo, ou seja, se o autor ganhar ou perder a coisa julgada irá acontecer.
Existem entretanto situações especiais:
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COISA JULGADA SECUNDUM EVENTUM LITIS: É a cosia julgada que só ocorre em um determinado resultado do processo (é o contrario da regra geral). No processo civil tem pouca aplicabilidade, posto que não há proporcionalidade. Ex: Se o legislador disser que somente a sentença "procedente" irá fazer a cosia julgada – é o que acontece com a coisa julgada penal (a sentença penal condenatória pode ser revista a qualquer momento, a absolutória não).
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COISA JULGADA SECUNDUM EVENTUM PROBATIONES: É prestigiada no processo civil. Significa que não há coisa julgada se a improcedência for por falta de provas – se o juiz conclui que a improcedência, a rejeição se der por falta de provas, não há coisa julgada. Assim, só ocorre coisa julgada após esgotados todos os meios de provas. Ex: A coisa julgada no Mandado de Segurança – qualquer que seja, inclusive o individual (se dentro dos 120 dias pode repropor); Ex²: Coisa julgada na Ação Popular; Coisa Julgada na Ação Civil Pública.
OBS: Há quem defenda hoje que a coisa julgada na investigação de paternidade é secundum eventum probatione – Cristiano Chaves.
P: Decisão denegatória em MS não faz coisa julgada?Qualquer decisão faz coisa julgada. Entretanto, se a decisão denegatória for por falta de provas não faz coisa julgada (secundum eventum probatione).
fonte: http://dayvidcp.blogspot.com.br/2009/03/coisa-julgada.html