O NIS é utilizado para armazenamento centralizado da configuração das contas dos usuários, para que quando eles mudem de máquina, suas configurações sejam mantidas.
LDAP é um protocolo (executado sobre o TCP/IP)
cliente-servidor, utilizado para acessar um serviço de
Diretório. Ele foi inicialmente usado como uma interface
para o X.500, mas também pode ser usado com autonomia e com
outros tipos de servidores de Diretório. Atualmente vem se
tornando um padrão, diversos programas já têm
suporte a LDAP. Livros de endereços,
autenticação, armazenamento de certificados digitais
(S/MIME) e de chaves públicas (PGP) são alguns dos
exemplos onde o LDAP já é amplamente utilizado.
http://www.dimap.ufrn.br/~aguiar/Entendendo_Conectiva8_Pro/servidor/autenticacao.html