Com a Invasão Holandesa, em 1637, Sergipe foi praticamente posto a ruínas. Houve incêndios, destruição de lavouras, roubos e maus tratos com gados, abalando drasticamente a economia da província. Os holandeses queriam atacar a cidade de Salvador e se estabeleceram no território de Sergipe em busca de uma estratégia para a investida.
Em 1696, finalmente Sergipe conquistaria a independência, mas por muito pouco tempo. Separada da Capitania da Bahia, foram fundadas as vilas de Itabaiana, Lagarto, Santa Luzia, Vila Nova do São Francisco e Santo Amaro das Brotas. Entretanto, com o desenvolvimento da província, a Bahia reivindicou a autonomia de Sergipe, o que causou inúmeros conflitos.
Somente em 1820 o rei D. João VI assinou um decreto que isolou Sergipe da Bahia. O brigadeiro Carlos César Burlamárqui foi nomeado o primeiro governador do estado. Apesar dos conflitos com os baianos continuarem, a independência do Brasilem 1822 deu a condição de estado independente ao Sergipe e, a partir de então, iniciou-se um longo processo de desenvolvimento com a produção e exportação de cana-de-açúcar e criação de gado. Em 1855, a capital sergipana foi transferida para o povoado de Santo Antônio de Aracaju, considerada uma das primeiras cidades planejadas do Brasil com suas ruas direcionadas às margens do Rio Sergipe.
Fonte: http://www.infoescola.com/historia/historia-de-sergipe/