Nem todos os materiais são incinerados como é de conhecimento popular. Alguns são destinados a aterros sanitários e outros até podem ser reciclados.
Os materiais mais perigosos são separados em sacos plásticos especiais e etiquetados como resíduos infectantes e resíduos radioativos. Ambos são incinerados, porém os resíduos radioativos primeiramente são armazenados até que atinja o nível de radiação que permita o seu destino final. De acordo com a Comissão Nacional de Energia Nuclear (CNEN), os hospitais são responsáveis pela destinação final.
De acordo com a norma 307 da ANVISA, os materiais devem ser separados em:
Resíduos especiais – Materiais farmacêuticos, radioativos e químicos.
Resíduos gerais – Materiais de áreas administrativas como sucatas, embalagens, resíduos alimentares, etc.
Resíduos infecciosos – Materiais que contém sangue humano, resíduos de diagnósticos, drenos e gazes, materiais perfurocortantes, biopsias e amputações, resíduos de tratamentos como sondas, material patológico, dentre outros.
Os materiais farmacêuticos são direcionados de volta aos seus fabricantes para o correto descarte.
Plásticos, metais, papel, papelão, vidros, assim como os demais materiais recicláveis são inseridos dentro de um processo de reciclagem normal de materiais, sendo, na maioria dos casos, levados a centros de reciclagem ou postos de coleta de materiais recicláveis.
Já os materiais perfurocortantes são colocados em caixas de papelão específicas, sendo que os demais resíduos devem ser alocados em sacos plásticos brancos e identificados como material infectante. A destinação final é a incineração ou a coleta especial para depósito em aterro sanitário.