a) validação de objetos de domínio, segundo as regras de negócio da aplicação.
O servidor de aplicação oferece vários serviços de infra, segurança, troca de mensagens, etc, mas muita coisa é responsabilidade da própria aplicação. O item "a" é um exemplo de responsabilidade da aplicação.
b) geração de código através de MDA (Model Driven Architecture).
Você utiliza algum software para esse fim.
c) persistência final dos objetos de domínio.
Quem faz a persistência é algum framework como Hibernate que implementa a API JPA do JEE, por exemplo.
d) suporte nativo à arquitetura MVC.
Arquitetura é de responsabilidade do arquiteto mais analista e desenvolver. Não é algo disponibilizado pelo servidor de aplicação.
e) estrutura para troca de mensagens entre aplicações.
Na Arquitetura JEE, existe o JMS que permite a troca de mensagens entre recursos e aplicações. O servidor de aplicação que implementa a especificação JEE disponibiliza essa estrutura de troca de mensagens.
Fonte: http://groups.google.com/group/timasters/browse_thread/thread/cd1312540fc02832?fwc=1&pli=1