MONOFILÉTICO: Em cladística, chama-se monofilético a um clado que pode ser um taxon. Inclui todas as espécies derivadas de uma única espécie ancestral, incluindo esse mesmo ancestral. Exemplo: o agrupamento dos répteis e aves formam um grupo monofilético, porque descendem de um ancestral comum.
PARAFILÉTICO: Inclui um grupo de descendentes de um ancestral comum, porém não todos eles. Exemplo: o grupo dos répteis não inclui as aves que apresentam o mesmo ancestral comum. se acrescentar as aves, torna-se um grupo monofilético.
POLIFILÉTICO: Em filogenética, chama-se polifilético a um grupo que não inclui o ancestral comum de todos os indivíduos. É um grupo monofilético do qual se retirou um grupo parafilético. Em outras palavras, é a reunião de dois ou mais grupos monofiléticos. Pode-se acrescentar que um grupo polifilético é aquele em que seus integrantes possuem vários ancestrais comuns, um em cada grupo. Consiste num conjunto de organismos que forma um grupo caracterizado por apresentar características comuns resultantes da acção da evolução convergente (características semelhantes de origens diferentes). As características partilhadas, que podem ser anatómicas, bioquímicas, comportamentais ou outras (por exemplo, primatas com actividade nocturna, árvores de fruto, insectos aquático), não resultam da herança de um ancestral comum mas da adaptação a condições ambientais específicas.
Fonte: http://wwwbiodersongrapiuna.blogspot.com.br/2012/04/monofiletico-e-parafiletico_9677.html