O programa teve inicialmente como base de ação a Rede Federal de Educação Profissional e Tecnológica. Por meio do Decreto no 5.840, de 13 de julho de 2016, ele é ampliado em termos de abrangência e aprofundamento em seus princípios pedagógicos passando a se chamar Programa Nacional de Integração da Educação Profissional com a Educação Básica na Modalidade de Educação de Jovens e Adultos (Proeja). Passa assim a contemplar os seguintes cursos na modalidade de Educação de Jovens e Adultos:
1- Educação profissional técnica integrada ao Ensino Médio;
2- Educação profissional técnica concomitante ao Ensino Médio;
3- Qualificação Profissional, incluindo a Formação Inicial e Continuada integrada ao Ensino Fundamental;
4- Qualificação Profissional, incluindo a Formação Inicial e Continuada concomitante ao Ensino Fundamental;
5- Qualificação Profissional, incluindo a Formação Inicial e Continuada integrada ao Ensino Médio;
6- Qualificação Profissional, incluindo a Formação Inicial e Continuada concomitante ao Ensino Médio.