A técnica de chroma key melhorou muito desde suas primeiras aplicações. Mas ela ainda é instável devido a mudanças na luminosidade do fundo, como sombras e reflexos. A parte mais difícil de usar o azul ou o verde são as sombras, porque em um pequeno trecho da tela a sombra pode escurecer o fundo, tornando aquela cor de fundo uma cor mais escura, portanto reconhecida como outra tonalidade, dificultando o software a reconhecer o fundo.
O azul é preferido para mapas do tempo e efeitos especiais de filmes porque é uma cor complementar a da pele humana e consequentemente é fácil de aplicar a chroma key. Porém, em muitos casos o verde é preferido porque câmeras digitais retêm mais detalhes no canal de cor verde e ele necessita de menos luz do que o azul. Embora essas cores sejam as mais utilizadas, atualmente pode-se usar qualquer cor.
Fonte: https://pt.wikipedia.org/wiki/Chroma_key