O principal impacto está relacionado à contaminação do lençol freático. A qualidade do lençol freático pode ser afetada pelo calcário extraído com o aumento da quantidade de sedimentos e vazamentos acidentais diretamente nos aquíferos. A extração também remove toda a zona subcutânea, uma área importante de armazenagem de água no subsolo. Bombear a água das minas subterrâneas altera a direção e a quantidade do fluxo do lençol freático. Quando a operação de uma pedreira ou mina termina, existe a possibilidade de redução nos impactos diretos na qualidade da água, mas a contaminação a longo prazo poderá persistir.
A mineração subterrânea de calcário pode causar um impacto ambiental com efeito cascata. A extração no carste pode abaixar o nível do lençol freático, removendo o suporte da rocha sobre as cavernas com água, o que pode criardolinas.
A poeira é um dos impactos mais visíveis associados à extração de calcário, causada pela perfuração, britagem e peneiração da rocha. As condições da mina podem afetar o impacto do pó gerado durante a extração, incluindo as propriedades da rocha, umidade, correntes de ar e ventos predominantes, bem como a proximidade de centros de concentração populacional.