Em meados do século XVI, treze padres da Companhia de Jesus fundaram o Colégio de São Paulo de Piratininga, com o objetivo de disseminar a fé católica pelo território colonial. A partir dali, tentou-se implantar um projeto de aldeamentos, ou seja, comunidades onde eram reunidos indígenas de etnias diversas, a fim de que lhes fossem ensinadas a língua portuguesa, a fé católica e trabalhos manuais e artesanais. Coordenadas pelos padres da Companhia, essas comunidades se espalharam por diversas partes da América Portuguesa, sendo chamadas de missões jesuíticas, ou reduções jesuíticas. Muitos de seus organizadores se dedicaram a aprender algumas línguas nativas, o que facilitou o processo de catequização.
Em 1570, uma normativa real regulamentou o cativeiro indígena, que só poderia ser realizado por meio de “guerra justa”, ou seja, a partir dos conflitos autorizados pela Coroa ou pelo governador contra os povos hostis ao projeto colonizador. A exceção desses “inimigos” e outros casos particulares, todos os demais indígenas eram considerados livres segundo a lei.