Então, acredito que pelo fato dos genes parólogos estarem relacionados com a duplicação diferenciada de certos genes dentro de uma mesma espécie, resultando em indivíduos, muitas vezes, com características diferentes, pode ser que, ao analisarmos a homologia tanto morfológica quanto molecular, suponhamos que se referem a espécies diferentes. Todavia, fazem parte da mesma espécie só que a de indivíduos diferentes. Isso resulta em uma superestimativa do tempo de especiação entre linhagens, como se esses indivíduos tivessem sofrido especiação, dando origem a novas espécies, o que não é verdade, pois são da mesma. Porém, tiveram a sua diferenciação a partir da duplicação. Dai pensei na causa: duplicação dos genes, gerando como consequência: superestimativa do tempo de especiação entre linhagens..
Isso não acontece com os genes ortólogos, uma vez que os genes só irão se diferenciar após a especiação.. Dando uma ''certa certeza'' que são espécies diferentes..