Alternativas
Uma vantagem da análise proteômica sobre a análise da
expressão gênica no nível de RNA é que a proteômica
identifica produtos gênicos que são de fato expressos e
não apenas mRNAs que podem não ser traduzidos.
Uma das grandes limitações atuais da análise proteômica
reside no número de proteínas que pode ser analisada
em cada experimento, que sempre representará apenas
uma fração das proteínas expressas em determinada
situação.
A análise proteômica é limitada a proteínas solúveis, não
sendo aplicável a proteínas mais complexas como as
proteínas de membrana.
A análise proteômica permite a detecção de modificações
pós-traducionais, o que amplia a relevância biológica dos
dados obtidos.
Um dos pré-requisitos básicos da proteômica é que o
organismo analisado já tenha seu genoma sequenciado,
ou pelo menos uma boa coleção de cDNAs esteja
disponível.