Um microscópio invertido é um microscópio com a sua fonte de luz e um condensador na parte superior, acima da fase que aponta para baixo, enquanto que as objetivas e torre estão abaixo da fase apontando para cima. Foi inventado em 1850 por Lawrence J. Smith.
Microscópios invertidos são úteis para a observação de células vivas ou organismos na parte inferior de um recipiente maior (por exemplo, um frasco de cultura de tecido, ou uma placa de petri) sob condições mais naturais do que numa lâmina de vidro, como é o caso com um microscópio convencional.