O SSH (Secure SHell) é um protocolo que permite a você acessar virtualmente o servidor como se você estivesse em um terminal (no prompt do DOS, por exemplo). Se você preferir, considere como o SSH como um computador controlando outro computador.
A diferença entre o telnet e o SSH está na segurança. Toda a transmissão de dados no SSH é criptografada. Assim, os riscos de alguém "bisbilhotar" o que você está fazendo no servidor (às vezes você precisa transmitir senhas para acessar outros sistemas ou programas) é virtualmente zero. Fora isso, tudo o que você faz no telnet pode ser feito pelo SSH.
Fonte: http://www.cybernetfx.com/clientes/knowledgebase.php?action=displayarticle&id=71