Estrutura Lógica:
A estrutura lógica é dividida em Florestas, Árvores, Domínios e Unidades Organizacionais (OU).
Florestas: A floresta consiste no agrupamento de uma ou mais árvores de domínios. O primeiro domínio da floresta é chamado domínio raiz da floresta (root). O nome desse domínio faz referência à floresta.
Árvores: Os domínios agrupados em estrutura hierárquica são chamados de árvores de domínios. Quando você acrescenta um segundo domínio a uma árvore, ele se torna filho do domínio raiz da árvore.
Domínios: Os domínios, são as principais unidades funcionais da estrutura lógica do Active Directory, são um conjunto de objetos definidos de forma administrativa que compartilham um banco de dados de diretórios comum, diretivas de segurança e relações de confiança com outros domínios. Em outras palavras cada dominio possui seu administrator, ou seja, as definições de segurança de um domínio não se aplicam aos outros domínios.
Unidades Organizacionais (OUs): As unidades organizacionais são objetos do Active Directory usados para armazenar e organizar os objetos de usuários, grupos, computadores e outras unidades organizacionais. Ou seja nos devemos utilizar as OUs para distribuir de forma uniforme os objetos dentro do Active Directory.
Estrutura Física:
A estrutura física do Active Directory é representada por Domain Controllers e Sites.
Domain Controllers: Cada controlador de domínio desempenha funções de armazenamento e replicação. Cada controlador de domínio dá suporte a apenas um domínio. Para garantir a disponibilidade contínua do Active Directory, cada domínio deve ter mais de um controlador de domínio.
Sites: Os sites são objetos dentro do Active Directory que representam a localidade geográfica do host e de sua rede (network (IP)), ou seja utilizamos sites para organizar os objetos dentro de suas redes.
FONTE: https://goo.gl/HBvFwI