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/usr (de "Unix System Resources", ou recursos de sistema Unix). Este é de longe o diretório com mais arquivos em qualquer distribuição Linux, pois é aqui que ficam os executáveis e bibliotecas de todos os principais programas.
http://www.hardware.com.br/dicas/linux-entendendo-arvore-diretorios.html
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Os executáveis não ficam no /bin ?
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Atenção para o trecho: hierarquia secundária para dados compartilhados de usuários.
"/usr usually contains by far the largest share of data on a system...contains all the user binaries, their documentation, libraries, header files, etc.... X and its supporting libraries can be found here. User programs like telnet, ftp, etc."
Explicação a respeito do /bin:
"Unlike /sbin, the bin directory contains several useful commands that are of use to both the system administrator as well as non-privileged users. It usually contains the shells like bash, csh, etc.... and commonly used commands like cp, mv, rm, cat, ls. For this reason and in contrast to /usr/bin, the binaries in this directory are considered to be essential. The reason for this is that it contains essential system programs that must be available even if only the partition containing / is mounted. This situation may arise should you need to repair other partitions but have no access to shared directories (ie. you are in single user mode and hence have no network access). It also contains programs which boot scripts may depend on."
http://www.tldp.org/LDP/Linux-Filesystem-Hierarchy/html/bin.html
http://www.tldp.org/LDP/Linux-Filesystem-Hierarchy/html/usr.html
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a)/tmp/ (Contém todos os arquivos temporários gerados por aplicativos que tenham sido usados pelos usuários)
b)/usr/ (A maior parte dos aplicativos e outros componentes ficam instalados dentro dessa pasta)
c)/sbin/ (Contém arquivos executáveis necessários para o boot, para recuperação e reparações)
d)/root/ (É a pasta do administrador do sistema. Somente o root poderá acessá-la)
e)/proc/ (Pasta que contém arquivos especiais do Kernel e de processos que interagem com ele)
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Programas que não são essenciais ao sistema e que seguem o padrão GNU/Linux, como por exemplo, navegadores, gerenciadores de janelas, etc.
Fique atento as diferenças entre: /bin - binários essenciais ao sistema e /usr/bin- binários não essenciais ao sistema /usr/local/bin - scripts criados pelo usuário
O “/usr” é um diretório portável, o que signifca que posso transportar ele para outros lugares, eliminando a parte de instalar todos os programas.
O diretório “/usr” é normalmente é o maior diretório do sistema.