O Conselho Nacional de Recursos Hídricos, de acordo com a Resolução nº 32, de 15 de outubro de 2003, divide o Brasil em 12 regiões hidrográficas: Atlântico Sul; Uruguai; Paraguai; Paraná; Atlântico Sudeste; Atlântico Leste; São Francisco; Atlântico Nordeste Oriental; Parnaíba; Atlântico Nordeste Ocidental; Tocantins-Araguaia; Amazônica.
Observação: A diferença entre região hidrográfica e bacia hidrográfica é que esta última não se limita às fronteiras dos países. Aquela é uma divisão administrativa e se restringe ao território brasileiro.