A) listar aplicativos em execução. Pode ser utilizado os comandos:
top (exibe os programas em execução, além de medir o uso da CPU e memória - seria um Gerenciador de Tarefas do Windows)
ps (lista os processos em execução com mais informações)
jobs (lista os processos em execução em segundo plano)
B) excluir diretórios.
Comando rmdir em caso de diretório vazio. Em caso de diretório com arquivos pode ser rm
C) criar um diretório seguro.
Comando mkdir cria diretórios, porém não sei informar de modo seguro.
D) criar um arquivo.
Comando touch (pode ser utilizado para criar arquivo vazio e atualizar data/hora de modificação ou de acesso.
E) listar diretórios e arquivos.
Comando ls