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A qualidade da água no ambiente é função do uso e da ocupação do solo na bacia hidrográfica onde o manancial se encontra. Essa qualidade é influenciada pelos seguintes fatores: condições naturais, que podem afetar o escoamento superficial; infiltração no solo, resultantes da precipitação atmosférica; atuação do homem, interferindo com a geração de despejos domésticos, industriais, e de criação de animais; e a aplicação de defensivos agrícolas no solo, que de diversas formas contribui com a introdução de compostos na água. Esses fenômenos de poluição apresentam riscos à saúde e comprometem um ou mais usos dos mananciais com a perda de qualidade devido a alterações em suas características (BRASIL. Ministério da Saúde. Gabinete do Ministro. Portaria nº 2914, de 12 de dezembro de 2011)
Os métodos que podem ser empregados no tratamento da água com objetivo da desinfecção - que não é a eliminação total dos microrganismos, mas sim diminuir a população de patógenos são os métodos químicos, biológicos, físicos e/ou fotoquímicos. (Gonçalves, et al., 2003)
Os relatos de transmissão de doenças de veiculação hídrica relacionados ao abastecimento de água para consumo humano, inclusive em países desenvolvidos, têm sido registrados, com especial atenção à detecção e ao controle dos protozoários Cryptosporidium spp. e Giardia spp, causadores de problemas gastrointestinais, entre outros. A principal fonte de contaminação dos recursos hídricos por esses patógenos é o descarte de esgoto doméstico (tratado ou não) nos corpos de água que comumente são utilizados como mananciais. ()