A desfragmentação de disco é uma tarefa imprescindível para manter o computador ágil, principalmente no caso de servidores. A fragmentação ocorre quando arquivos do disco rígido são constantemente modificados, fazendo com que eles sejam armazenados "em pedaços" (fragmentos). Isso causa uma lentidão maior na leitura e gravação dos mesmos, do que se estivessem armazenados em um único "pedaço". Quando se desfragmenta uma partição, utilizando um bom programa ou o próprio desfragmentador do Windows, praticamente todos os arquivos que estavam desfragmentados ficam em um único fragmento, agilizando muito o acesso a eles, o que na prática significa maior velocidade de trabalho.
Fonte: <http://www.ceavi.udesc.br/arquivos/id_submenu/487/desfragmentacao.pdf>