A desinfecção é um processo que elimina uma grande parcela dos microrganismos presentes nas superfícies dos . Geralmente, é feita utilizando cloro, hipoclorito de sódio e álcool, podendo ser classificada entre desinfecção de baixa e alta eficiência.
No caso da desinfecção de baixo nível, são completamente extraídas as bactérias vegetativas e alguns tipos de vírus e fungos. Seria considerada uma técnica completa se não fosse por alguns esporos bacterianos e vírus que permanecem nos equipamentos. Desinfecção de baixo nível é feita com álcool etílico, isopropílico, quartenário de amônia, n-propílico e hipoclorito de sódio.
A desinfecção de alto nível, por outro lado, utiliza glutaraldeído, cloro, hipoclorito de sódio, solução de peróxido de hidrogênio, compostos clorados, ortophtalaldeído, ácido peracético e água superoxidada. Neste estagio de limpeza, somente esporos bacterianos e vírus classificados como lentos sobrevivem.
A esterilização elimina todas as bactérias, fungos, vírus e esporos.