Na verdade, diversas moléculas da saliva atuam sinergicamente para prevenir os fatores associados à desmineralização do processo de formação da cárie. A capacidade antimicrobiana é importante para controlar o crescimento bacteriano e consequentemente seu metabolismo acidogênico. Essa capacidade se dá através de proteínas e enzimas que compõem a parte orgânica, que são as seguintes:
A lactoferrina apresenta atividade antimicrobiana, inclusive contra os Streptococcus mutans, que necessitam de íons ferro para o seu crescimento. Acredita-se que a lactoferrina, que possui um núcleo porfirínico em sua estrutura, esteja ligada ao transporte de íons ferro da saliva. Cada molécula de proteína liga-se a dois átomos de ferro.
A estaterina está envolvida com a estabilização e o transporte do cálcio salivar. Estarerina juntamente com as mucinas compõem a película adquirida, que é uma camada acelular que recobre o esmalte dentário. No entanto, por sua capacidade de interagir com os micro-organismos, a estaterina apresenta capacidade de neutralização de bactérias presentes na saliva.
As mucinas (MG1 e MG2) são glicoproteínas ricas em carboidratos, apresentam funções como lubrificantes e protetoras da cavidade bucal. A MG2 está relacionada à adesão bacteriana, inclusive de Streptococcus mutans. Essa adesão promove a remoção das bactérias da cavidade bucal pela deglutição.
As defensinas são secretadas pelas células de Paneth inseridas no epitélio da mucosa bucal. Essas defensinas, também chamadas de peptídeos antimicrobianos, atuam no controle da microbiota e defesa contra patógenos. Em todo o trato digestório essas defensinas estão presentes e a sua ausência acaba desregulando a microbiota.
As imunoglobulinas são proteínas existentes no plasma, produzidas pelo sistema imune específico, participam da inibição de microorganismos, neutralizando o controle da microbiota e infecção.
A Sialina é um peptídeo que eleva o pH da placa bacteriana. Esse fator, apesar de não ser tão essencial para o controle microbiano, é importante para impedir a desmineralização do dente.
A lisozima e a peroxidase são enzimas que possuem atividade antimicrobiana. A lisozima apresenta capacidade de provocar a lise bacteriana, enquanto a peroxidase produz superóxido que é tóxico para diversas bactérias e fungos.