A hematoxilina tem atração por substâncias ácidas (basófilas) dos tecidos, como os núcleos e o retículo endoplasmático rugoso e ácidos nucleicos. Já a eosina, sendo ácida, cora predominantemente o citoplasma, as fibras de colágeno e outras estruturas compostas por substâncias com caráter básico (acidófilas). A combinação mais comum de corantes usada em Histologia e Histopatologia é a Hematoxilina e Eosina (HE).
Nas células coradas com HE os ácidos nucleicos presentes no núcleo são corados pela hematoxilina, dando ao núcleo um tom azul púrpura. A eosina é atraída pelos elementos básicos das proteínas do citoplasma da célula, corando-o de róseo a vermelho, colore também elementos celulares como citosol, mitocôndrias e fibras colágenas. Os componentes dos tecidos que se coram prontamente com os corantes básicos são chamados basófilos; os que têm afinidade pelos corantes ácidos são chamados acidófilos. A hematoxilina comporta-se como um corante básico e, portanto, cora o núcleo de modo basófilo. A eosina é um corante ácido e cora os elementos básicos da proteína do citoplasma de maneira acidófila.