O tratamento para os casos de flare-ups deve ser igual ao previamente descrito para periodontite apical sintomática (secundária). Sendo assim, deve envolver a remoção do curativo, irrigação abundante do canal com NaOCl a 2,5%, revisão da instrumentação e verificação da patência do forame apical, aplicação de medicação intracanal com pasta a base de hidróxido de cálcio (falaremos sobre medicação intracanal no próximo tópico), selamento coronário e prescrição de analgésico/antiinflamatório.
Em todos os casos, o analgésico/anti-inflamatório a ser administrado poderá ser ibuprofeno, naproxeno, diclofenaco, cetoprofeno ou piroxicam, todos bastante eficazes para tratar a dor de origem endodôntica.