Os medicamentos do CEAF estão divididos em três grupos com características, responsabilidades e formas de organização distintas.
O Grupo 1 é aquele cujo financiamento está sob a responsabilidade exclusiva do Ministério da Saúde. Engloba os medicamentos indicados para doenças com tratamento de maior complexidade; para os casos de refratariedade ou intolerância à primeira e/ou à segunda linha de tratamento; medicamentos que representam elevado impacto financeiro para o Componente e aqueles incluídos em ações de desenvolvimento produtivo no complexo industrial da saúde. O Grupo 1 subdivide-se em Grupo 1A - medicamentos com aquisição centralizada pelo MS e Grupo 1B - medicamentos adquiridos pelos Estados, porém com transferência de recursos financeiros advindos do MS. A responsabilidade pelo armazenamento, distribuição e dispensação dos medicamentos é das Secretarias Estaduais de Saúde, devendo ser dispensados somente para as doenças (CID-10) contempladas nas portarias relacionadas ao CEAF.
O Grupo 2 é constituído por medicamentos destinados a doenças com tratamento de menor complexidade em relação aos elencados no Grupo 1 e aos casos de refratariedade ou intolerância à primeira linha de tratamento. A responsabilidade pelo financiamento, aquisição, armazenamento, distribuição e dispensação é das Secretarias Estaduais de Saúde.
Os medicamentos dos Grupos 1 e 2 também poderão ser dispensados ao usuário através das Secretarias Municipais de Saúde, de acordo com pactuação na CIB (Comissão Intergestores Bipartite).
O Grupo 3 é formado por medicamentos constantes no Componente Básico da Assistência Farmacêutica e indicados pelos PCDT, como a primeira linha de cuidado para o tratamento das doenças contempladas no CEAF. A responsabilidade pelo financiamento é tripartite, sendo a aquisição, o armazenamento e a distribuição realizadas de acordo com a pactuação da Comissão Intergestores Bipartite de cada unidade federada. A dispensação deve ser executada pelas Secretarias Municipais de Saúde.