Há pelo menos duas limitações que entendo importantes: tempo e recursos. O auditor, e aí entendo que a questão falou em auditor externo, haja vista ter citado também "entidade de auditoria", não tem todo o tempo do mundo para realizar a sua auditoria, e, ainda, diferente do auditor interno, que tem uma atividade contínua, o auditor externo somente trabalha de forma periódica, tendo bem menos tempo para atuar.
Quanto aos recursos, o auditor (externo) ou a entidade de auditoria dispõem de limitados recursos, sendo que o escopo da auditoria não pode ser muito aprofundado, de forma que a empresa de auditoria (ou o auditor) tenha prejuízo.