As células que formam o epitélio da mucosa bucal são denominadas de queratinócitos e são especializadas na produção de queratina. A queratina é uma proteína cuja função é a proteção do tecido epitelial contra agentes agressores. Apesar dessa função, a queratina pode ou não estar presente na mucosa bucal.Regiões que normalmente não possuem queratina (como assoalho bucal, mucosa jugal, mucosa labial e palato mole) podem eventualmente sofrer queratinização diante da presença de atritos constantes (como por exemplo pelos alimentos) e outros estímulos, principalmente físico-mecânicos e químicos. Nesse caso, o epitélio passa a ser denominado de paraqueratinizadopor possuir uma queratinização incompleta.
camada basal (de número 1 na figura) é composta por células com alta capacidade de divisão, as quais saem da camada basal e vão compor a camada espinhosa.
Além dos queratinócitos, existem no epitélio também células claras. Uma delas é denominada demelanócitos, os quais produzem a melanina (pigmento de proteção contra os raios ultra-violeta). Os melanócitos transferem a melanina para os queratinócitos. A melanina colore de marrom a mucosa e é mais evidente nos indivíduos de cor negra.
Uma outra célula não-queratinócito e que também tem aspecto claro são as células de Langerhans, células de defesa. Estas são visíveis somente com técnicas especiais, como a imuno-histoquímica. Existem também no epitélio as células de Merckel, especializadas nas sensações mecânicas e também não visíveis pelas colorações histológicas de rotina. Por fim, estão presentes no epitélio da mucosa bucal células inflamatórias (principalmente neutrófilos, linfócitos e eosinófilos); estas, porém, não estão naturalmente nesse local: saem do conjuntivo subjacente e penetram no epitélio se este sofrer algum dano que necessite ser reparado.