O Proagro foi criado pela Lei 5.969/1973 e regido pela Lei Agrícola 8.171/1991, ambas regulamentadas pelo Decreto 175/1991. Suas normas são aprovadas pelo Conselho Monetário Nacional -CMN e codificadas no Manual de Crédito Rural (MCR-16), que é divulgado pelo Banco Central do Brasil.
O Proagro é custeado por recursos alocados pela União e dos provenientes da contribuição que o produtor rural paga (o adicional/prêmio do Proagro), bem como das receitas obtidas com a aplicação do adicional recolhido.
A partir de 1997, reconhecendo a eficiência do zoneamento agrícola de risco Climático do MAPA criado em 1996, o CMN passou a exigir a observância das recomendações do zoneamento agrícola para o enquadramento dos empreendimentos de custeios agrícolas no Proagro, incentivando a utilização de tecnologia adequada às atividades.
Em 2004 foi criado o “Proagro Mais”, seguro público destinado a atender os pequenos produtores vinculados ao Programa Nacional de Fortalecimento da Agricultura Familiar (PRONAF) nas operações de custeio agrícola, que passou a cobrir também as parcelas de custeio rural e investimento, financiadas ou de recursos próprios, na forma estabelecida pelo CMN, conforme estabelecido pela Lei nº 12.058/2009.
O Proagro é administrado pelo Banco Central do Brasil e operado por seus agentes, representados pelas instituições financeiras autorizadas a operar em crédito rural, as quais contratam as operações de custeio e se encarregam de formalizar a adesão do mutuário ao Programa, da cobrança do adicional, das análises dos processos e da decisão dos pedidos de cobertura, do encaminhamento dos recursos à Comissão Especial de Recursos – CER, dos pagamentos e registros das despesas.
Quando o pedido de cobertura do Proagro é negado pelo agente financeiro, o produtor pode recorrer à Comissão Especial de Recursos - CER, única instância administrativa do Proagro. A CER é um órgão Colegiado, cuja Secretaria Executiva está ligada ao Ministério da Agricultura.