O NTFS utiliza uma estrutura chamada Master File Table (MFT), que tem praticamente a mesma finalidade do FAT, mas funciona de maneira diferente.
O MFT é uma tabela que registra atributos de cada arquivo armazenado. Esses atributos consistem em uma série de informações, entre elas: nome, data da última modificação, permissões e, principalmente, localização na unidade de armazenamento.
Como necessita guardar várias informações de praticamente todos os arquivos no disco, o NTFS reserva um espaço para o MFT - Zona MFT -, geralmente de 12,5% do tamanho da partição. Cada arquivo pode necessitar de pelo menos 1 KB para o registro de seus atributos no MFT, daí a necessidade de um espaço considerável para este.
Referência: http://www.infowester.com/ntfs.php