Acho que Presidente do Banco Central tem status de Ministro de Estado ou mudou??
De acordo com a lei nº10.683/03 alterada pela lei 12.462/2011 o § único do art. 25 tem a seguinte redação:
Art. 25 (...)
Parágrafo único. São Ministros de Estado: (Redação dada pela Lei nº 12.462, de 2011) I - os titulares dos Ministérios; (Incluído pela Lei nº 12.462, de 2011)
II - os titulares das Secretarias da Presidência da República; (Incluído pela Lei nº 12.462, de 2011)
III - o Advogado-Geral da União; (Incluído pela Lei nº 12.462, de 2011)
IV - o Chefe da Casa Civil da Presidência da República; (Incluído pela Lei nº 12.462, de 2011)
V - o Chefe do Gabinete de Segurança Institucional da Presidência da República; (Incluído pela Lei nº 12.462, de 2011)
VI - o Chefe da Controladoria-Geral da União; (Incluído pela Lei nº 12.462, de 2011)
VII - o Presidente do Banco Central do Brasil. (Incluído pela Lei nº 12.462, de 2011)
Portanto, o mandado de segurança deveria ser impetrado no STJ (juízo federal competente), conforme art. 105, I, b da CF/88, sendo que o recurso cabível seria o ROC para o STF (art. 102, II, a da CF/88), pois a decisão foi denegatória.
Por isso, acho que a questão está equivocada.