A inativação da endotoxina por despirogenização pode ser obtida pela detoxificação da molécula do LPS usando tratamentos químicos que quebrem pontes lábeis ou bloqueiem sítios necessários à atividade pirogênica: hidrólise ácida, oxidação com peróxido de hidrogênio, hipoclorito de sódio, periodato de sódio, permanganato de potássio diluído, aniquilação com anidrido acético e succinico, ou mesmo óxido de etileno. Outros processos que levam a inativação das endotoxina são: tratamento por calor seco, radiação ionizante e tratamento com o antibiótico polimixina B.