Alternativas
mandar arquivar os autos, aguardando impulso das partes ou do MP, pois não lhe cabe qualquer providência de ofício no caso, para sanear a falha do tribunal, sob pena de incorrer em usurpação de competência.
intimar a parte vencedora para iniciar a execução, pois a certidão de trânsito em julgado, lavrada pelo TRF, tem fé pública, produzindo efeitos absolutos, não podendo ser retificada.
intimar as partes e o MP no próprio juízo de primeiro grau, fazendo publicar o acórdão, e, se não houver a apresentação de recurso, dar início à execução.
intimar as partes no próprio juízo de primeiro grau, fazendo publicar o acórdão, e, se for apresentado recurso, encaminhar os autos ao TRF com as peças recursais apresentadas, para intimação do MP e juízo de admissibilidade recursal.
devolver os autos ao TRF, apontando, no despacho, o erro ocorrido quanto à falta de intimação, para que o próprio TRF adote as providências relativas à publicação do acórdão e à intimação das partes e do MP.