A profilaxia da amebíase baseia-se no controle da transmissão do parasita e inclui medidas de higiene pessoal e educação sanitária. Medidas como essas visam, basicamente, evitar a ingestão de água e de alimentos contaminados com os cistos do protozoário, bem como diminuir os riscos de contaminação do meio-ambiente.
A lavagem das mãos após a evacuação e antes de alimentar-se e a manutenção das unhas curtas e limpas constituem as medidas de higiene pessoais mais destacáveis.
A educação sanitária e o saneamento ambiental são os outros fatores para a profilaxia e o controle da amebíase. O acesso universal à educação facilita a compreensão da necessidade de tratamento da água para consumo e do destino adequado para as fezes humanas. Recomenda-se à população sem acesso à água tratada, a fervura ou filtragem da água a ser consumida ou utilizada na lavagem de vegetais crus. Destacam-se também a necessidade de excluir o uso das fezes humanas como adubo e o controle das moscas e baratas a fim de evitar o transporte de cistos para a água e alimentos. Outras medidas como o tratamento das redes de esgotos e das instalações sanitárias, bem como a identificação e o tratamento precoce dos indivíduos sintomáticos e assintomáticos infectados pela amebíase são também necessárias para a prevenção dessa parasitose.
Uma vacina contra a amebíase foi testada e obteve sucesso em animais de laboratório. Dados recentes revelam que uma vacina recombinante poderia ser suficiente para a proteção contra a amebíase intestinal em seres humanos.
A vacinação e o controle da infecção por meio de saneamento básico, principalmente em áreas endêmicas, permitiriam a possibilidade de erradicação da amebíase em nível mundial, visto ser o homem o hospedeiro da Entamoeba histolytica e da ausência da necessidade de vetores para a transmissão desse protozoário.