Os primeiros jesuítas chegaram na Bahia, em 1549, junto com Thomé de Sousa para fundar a primeira capital do Brasil. O padre era o superior da Companhia de Jesus no Brasil. Foram os primeiros jesuítas a chegarem na América.
No mesmo ano, os jesuítas construíram em Salvador, com as próprias mãos, a primeira escola, o Colégio dos Meninos de Jesus, e o primeiro templo da Ordem no Brasil: a .
Em Salvador, fundaram a Província do Brasil da Companhia de Jesus, a sede da Ordem na América Lusitana. Em 1553, fundaram o , que incluía um curso em humanidades e o noviciado para a formação de padres. Foi a primeira instituição de nível superior no Brasil, onde se formaram sacerdotes, por exemplo, São José de Anchieta e .
Vários outros colégios foram criados no Brasil, pelos jesuítas, em Porto Seguro, São Paulo (1554), Rio de Janeiro (1568), Olinda (1576), Ilhéus (1604), Recife (1655), São Luís, Paraíba, Santos, Belém, Alcântara (1716), Vigia (1731), Paranaguá (1738) e Desterro (1750). Em geral, eram escolas elementares que ensinavam a ler, escrever e contar, além de ensinamentos católicos. Os do Colégio da Bahia, entretanto, funcionava meritoriamente como uma universidade, a primeira do Brasil. Os jesuítas desempenharam papel importante na educação de adultos e crianças, em geral, e na catequese dos índios.()