O não cumprimento das disposições legais relacionadas ao Fundeb acarreta sanções administrativas, civis e/ou penais, cujas penalidades são:
Para o Chefe do Poder Executivo:
*Sujeição a processo por crime de responsabilidade, se caracterizados os tipos penais previstos no art. 1º, III (aplicar indevidamente verbas públicas) e XIV (negar execução à lei federal) do Decreto-lei nº 201/67. Nestes casos, a pena prevista é de detenção de três meses a três anos. A condenação definitiva por estes crimes de responsabilidade acarreta a perda do cargo, a inabilitação para exercício de cargo ou função pública, eletivos ou de nomeação (art. 1º, § 2º, Decreto-Lei nº 201/67);
* Sujeição a processo por crime de responsabilidade, se caracterizada a negligência no oferecimento do ensino obrigatório (art. 5º, § 4º, LDB);
* Sujeição a processo penal, se caracterizado que a aplicação de verba pública foi diversa à prevista em lei (art. 315 – Código penal). A pena é de 1 a 3 meses de detenção ou multa;
* Inelegibilidade, por oito anos, se suas contas forem rejeitadas por irregularidade insanável e por decisão irrecorrível do órgão competente, salvo se a questão houver sido ou estiver sendo submetida à apreciação do Poder Judiciário (art. 1º, g, Lei Complementar nº 64/90).
Para os Estados e Municípios:
*Rejeição das contas, mediante parecer prévio do Tribunal de Contas competente, com o consequente encaminhamento da questão ao respectivo Poder Legislativo e, caso a rejeição seja confirmada, à autoridade competente e ao Ministério Público;
* Impossibilidade de celebração de convênios junto à administração federal (no caso de Estados) e junto às administrações federal e estadual (no caso de Municípios), quando exigida certidão negativa do respectivo Tribunal de Contas;
* Impossibilidade de realização de operações de crédito junto às instituições financeiras (empréstimos junto a bancos);
* Perda da assistência financeira da União (no caso de Estados) e da União e do Estado (no caso de Município), conforme artigos 76 e 87, § 6º, da LDB – Lei 9.394/96;
* Intervenção da União no Estado (CF, art. 34, VII, e) e do Estado no Município (CF, art. 35, III)
fonte: ftp://ftp.fnde.gov.br/web/fundeb/fiscalizacao.pdf - com adaptações pela Redação dada pela LC 135/2010 que alterou o período de inelegibilidade de 5 para 8 anos.