Emitido quando o auditor verificar e certificar as contas dos responsáveis pela aplicação, utilização ou guarda de bens e valores públicos, e de todo aquele que der causa à perda, subtração ou estrago de valores, bens e materiais de propriedade ou responsabilidade da União. Os Certificados de Auditoria são dos seguintes tipos:
Foram adequadamente observados os princípios (legalidade, legitimidade e economicidade);
O auditor constatar falhas, omissões ou impropriedades de natureza formal no cumprimento das normas e diretrizes governamentais. Não há prejuízo ao erário;
Emitido quando não há aplicação dos princípios acima, constatando desfalque, desvio ou outra irregularidade de que resulte prejuízo quantificável para o erário.
Para definir o tipo de certificado o auditor deverá considerar a frequência da incidência ou da reincidência do achado; descumprimento a recomendações de auditorias anteriores, evidência da intenção; efetivo prejuízo ao erário etc.