Frequência genotípica é a razão entre o número de ocorrências de um determinado genótipo na população sobre o total da população. Frequência alélica é a razão entre o número de ocorrências de um determinado alelo na população sobre o número total de alelos.
Um exemplo:
População A - Possui 50 indivíduos AA, 20 indivíduos AB, e 30 indivíduos BB. Nessa população, temos:
- frequências genotípicas: AA = 0,5; AB = 0,20; BB = 0,30
- frequências alélicas: n(A) = 0,60; n(B) = 0,40
População B - 60 indivíduos AA, 40 indivíduos BB e 0 indivíduos AB
- frequências genotípicas: AA = 0,6; BB = 0,4; AB = 0,00
- frequências alélicas: n(A) = 0,6; n (B) = 0,40
Veja que as frequências genotípicas foram diferentes de uma população para a outra, mas as frequências alélicas continuaram as mesmas.
Em populações com uma alta taxa de endogamia, a tendência é que as proporções de homozigotos sejam maiores (como na população B), pela maior probabilidade de combinação dos mesmos alelos. Porém, isso não implica necessariamente mudanças na frequência alélica.