Existe, no Manual de eventos da Presidência, uma ordem de precedência entre os ministérios, determinada pelo critério histórico do respectivo ministério: Marinha; Exército; Relações Exteriores; Fazenda; Transportes; Agricultura; Educação e Cultura; Trabalho e Previdência Social, Aeronáutica; Saúde, Indústria e Comércio; Minas e Energia; Planejamento e Coordenação Geral; Interior; e Comunicações.
§ 1º Quando estiverem presentes personalidades estrangeiras, o Ministro de Estado das Relações Exteriores terá precedência sobre seus colegas, observando-se critério análogo com relação ao Secretário-Geral de Política Exterior do Ministério das Relações Exteriores, que terá precedência sobre os Chefes dos Estados-Maior da Armada e do Exército. O disposto no presente parágrafo não se aplica ao Ministro de Estado em cuja jurisdição ocorrer a cerimônia.
Recomendo a leitura das normas do cerimonial público da Presidência da República em http://www.planalto.gov.br/ccivil_03/decreto/D70274.htm