Errado. O JBoss, assim como outros aplicativos feitos em Java é compatível com todos os sistemas operacionais que possuem a JVM. Além disso, as aplicações no JBoss podem realizar persistência normalmente (acesso a dados).
Programas escritos em Java, e que utilizam as funcionalidades definidas pelas APIs dos pacotes da plataforma Java, são executados na máquina virtual. A máquina virtual Java - JVM é, além de um ambiente de execução independente de plataforma, uma máquina de computação abstrata. Portanto, o sistema operacional não precisa interpretar a linguagem. Quem interpreta é a JVM, que por sua vez traduz para o computador o que o código quer dizer.
Para cada sistema operacional há uma JVM, e é isso que possibiltia a execução de qualquer software escrito em Java para qualquer plataforma.
Fonte: Treinamento Profissional em Java, Guilherme Somera, 2006, Editora Digerati Books, com adaptações.