O contaminante inorgânico de maior preocupação em águas subterrâneas é o íon nitrato, NO3-, que normalmente ocorre em aquíferos de zonas rurais e suburbanas. Aquíferos mais profundos são menos contaminados por causa de sua profundidade, porque sua localização está menos sujeita a grandes fontes de contaminação e porque a remediação natural pela desnitrificação nas condições de baixa quantidade de oxigênio podem ocorrer.
O nitrato em águas subterrâneas origina-se principalmente de quatro fontes: aplicação de fertilizantes com nitrogênio, bem como inorgânicos e de esterco animal, em plantações; cultivo do solo; esgoto humano depositado em sistemas sépticos e deposição atmosférica (BAIRD; CANN, 2011).