Filtragem de pacotes
O firewall que trabalha na filtragem de pacotes é muito utilizado em redes pequenas ou de porte médio. Por meio de um conjunto de regras estabelecidas, esse tipo de firewall determina que endereços IPs e dados podem estabelecer comunicação e/ou transmitir/receber dados. Alguns sistemas ou serviços podem ser liberados completamente (por exemplo, o serviço de e-mail da rede), enquanto outros são bloqueados por padrão, por terem riscos elevados (como softwares de mensangens instantâneas, tal como o ICQ).
Firewall de aplicação
Firewalls de controle de aplicação (exemplos de aplicação: SMTP, FTP, HTTP, etc) são instalados geralmente em computadores servidores e são conhecidos como proxy. Este tipo não permite comunicação direto entre a rede e a Internet. Tudo deve passar pelo firewall, que atua como um intermediador. O proxy efetua a comunicação entre ambos os lados por meio da avaliação do número da sessão TCP dos pacotes.
Este tipo de firewall é mais complexo, porém muito seguro, pois todas as aplicações precisam de um proxy. Caso não haja, a aplicação simplesmente não funciona. Em casos assim, uma solução é criar um "proxy genérico", através de uma configuração que informa que determinadas aplicações usarão certas portas. Essa tarefa só é bem realizada por adminstradores de rede ou profissionais de comunicação qualificados.
O firewall de aplicação permite um acompanhamento mais preciso do tráfego entre a rede e a Internet (ou entre a rede e outra rede). É possível, inclusive, contar com recursos de log e ferramentas de auditoria. Tais características deixam claro que este tipo de firewall é voltado a redes de porte médio ou grande e que sua configuração exige certa experiência no assunto.
Fonte:http://www.infowester.com/firewall.php