Art. 5o São objetivos da UFSJ:
I. estimular o desenvolvimento do espírito científico e da reflexão crítica;
II. incentivar a pesquisa científica e tecnológica e a produção cultural;
III. promover ampla divulgação dos conhecimentos culturais, científicos e técnicos, tanto aqueles que constituem patrimônio da humanidade, quanto os produzidos pela Universidade Federal de São João del-Rei;
IV. incentivar o permanente aperfeiçoamento científico, cultural e profissional.
Art. 2o A autonomia didático-científica, administrativa, disciplinar e de gestão financeira e patrimonial é o princípio que norteia a atuação desta instituição federal de ensino superior e é exercida nos termos do art. 207 da Constituição da República Federativa do Brasil, da Lei 9.394/96, em seus artigos 43 e 54, e demais dispositivos aplicáveis.