Nas mulheres, a clamídia genital não costuma causar sintomas. No entanto, algumas mulheres têm "sintomas não-específicos", como: cistite, alteração do corrimento vaginal e dores ligeiras na zona abdominal. Se não for tratada, a clamídia pode levar a: dor pélvica, dor durante as relações sexuais ou sangramento ocasional entre menstruações. A clamídia pode também espalhar-se para o útero e causar a Doença Inflamatória Pélvica, causadora principal de infertilidade, gravidez ectópica e aborto involuntário. O homem com clamídia muitas vezes tem descarga uretral do pénis. Também poderá ter uma inflamação nos tubos que vão da bexiga à ponta do pénis e dos testículos ao pénis. Este desconforto poderá desaparecer, mas a infecção continua a poder passar para o parceiro sexual.