Alternativas
Dentre as vantagens da técnica PRA-hsp65 estão: (i) a
rapidez; (ii) a possibilidade de identificação da maioria das
espécies de micobactérias incluindo cepas não identificáveis
por métodos fenotípicos ou HPLC, com exceção daquelas
pertencentes ao complexo M. tuberculosis ; e (iii)
possibilidade de implantação em laboratórios públicos em
território nacional.
A técnica envolve a amplificação parcial de um fragmento
de aproximadamente 439pb do gene codificante para a
proteína de choque térmico de 65kDa a partir do DNA
extraído das cepas isoladas. Para a reação de
polimerização em cadeia são usados os iniciadores Tb11
e Tb12. O DNA amplificado é submetido a restrição pelas
enzimas BstEII e HaeIII independentemente e eletroforese
em gel de agarose em concentração igual ou acima de
3%. A análise do tamanho dos fragmentos está disponível
nana página http://app.chuv.ch/prasite/index.html.
O polimorfismo de outros genes conservados, de maneira
similar ao gene hsp65 , já foi proposto como variações da
técnica para a identificação de micobactérias, como os
genes rpoB , dnaJ e o espaçador 16S-23S rRNA.
A técnica PRA-hsp65 , apesar de não comercializada, foi
aprovada pela Food and Drug Administration (FDA) na
última década, porém é recomendada validação efetivain-house .
Dentre as desvantagens da metodologia PRA-hsp65
estão: (i) a não inclusão de espécies recentemente
descritas no banco de dados on-line ; (ii) diferenciação
dificultada de fragmentos de restrição com dimensões
próximas após a eletroforese; (iii) subjetividade; e (iv)
identificação ambígua de espécies que compartilham de
fragmentos de restrição com as mesmas dimensões.