Considerando os métodos sorológicos atualmente empregados no
diagnóstico de doenças transmitidas pelo sangue, julgue os itens
que se seguem.
Os testes para detecção do HIV podem ser realizados com o uso da técnica de PCR em tempo real, a qual detecta a presença de anticorpos contra o vírus.
Com relação à análise de variabilidade genética e aos parâmetros de diversidade genética em uma população, julgue o item que se segue.
Microssatélites, pequenas sequências repetidas de DNA dispostas em tandem, são sítios altamente polimórficos que apresentam uma taxa elevada de mutações.
Cientistas têm observado que os avanços tecnológicos no sequenciamento do DNA se espelharam na lei de Moore para microprocessadores, isto é, o número de elementos funcionais que podem ser colocados em um chip por custo unitário tem dobrado a cada dezoito meses, nas últimas décadas. De fato, as novas gerações de sequenciadores de DNA estão aumentando a velocidade de leitura muito mais rapidamente que o previsto pela lei de Moore. O primeiro genoma humano sequenciado demorou três ou quatro anos para ficar pronto e custou cerca de US$ 300 milhões. Acredita-se que, em dez anos, uma sequência do genoma humano individual vai custar menos de US$ 1 mil – 300 mil vezes menos do que custou a primeira –, e poderá ser feita em apenas um dia. Na próxima década, avanços similares em outras tecnologias biomédicas relevantes possibilitarão o aparecimento de uma medicina previsiva e personalizada. Com relação ao sequenciamento de genoma, julgue os próximos itens.
A partir de um genoma de referência, pode-se mapear as sequências produzidas pelas novas tecnologias de sequenciamento e agrupá-las conforme sua posição relativa, e, a partir desse mapeamento, identificar polimorfismos responsáveis pela manifestação de doenças como o câncer.
Considerando os aspectos de preparo, coleta e transporte de amostras referentes a análises clínicas, julgue o item a seguir.
Considerando as técnicas de biologia molecular aplicadas a métodos de diagnóstico, julgue o próximo item.
A técnica de PCR é utilizada para sintetizar pequenos fragmentos de ácido nucleico em situações nas quais não se dispõe de uma amostra de tal ácido, porém sua sequência é conhecida.
Considerando as técnicas de biologia molecular aplicadas a métodos de diagnóstico, julgue o próximo item.
A adição de ureia à reação em cadeia da polimerase aumenta o rendimento do processo.
Considerando as técnicas de biologia molecular aplicadas a métodos de diagnóstico, julgue o próximo item.
A identificação de mutações por PCR em tempo real é incompatível com o uso de marcadores fluorescentes.
Considerando as técnicas de biologia molecular aplicadas a métodos de diagnóstico, julgue o próximo item.
Considerando as técnicas de biologia molecular aplicadas a métodos de diagnóstico, julgue o próximo item.
Um teste diagnóstico comum para hepatite C é o sequenciamento genômico da região do envelope.
No que se refere aos aspectos relacionados aos grupos de biomoléculas abordados em análises clínicas, julgue os itens subsequentes.
A formação de novos ácidos nucleicos, em processos como a técnica de PCR, envolve a formação de novas ligações fosfodiéster.
Para uma reação de PCR ocorrer corretamente, são necessários os seguintes componentes:
O genoma humano apresenta em torno de 10 4 genes. Entretanto, somos capazes de produzir anticorpos contra aproximadamente 10 8 antígenos. Isso é possível porque:
Oncogenes são genes:
Os equipamentos laboratoriais capazes de identificar células e determinar o seu fenótipo, além de analisar o conteúdo nuclear de DNA são denominados:
Para a realização da técnica de PCR não é necessário:
A técnica de Southern blot permite a detecção de:
Northern blot é uma técnica molecular capaz de detectar:
A técnica de RT-PCR utiliza como enzima de reação:
Os avanços das técnicas de biologia molecular, aplicados ao
sequenciamento de genomas, vem disponibilizando nos
bancos de dados, quase que dia a dia, milhares de novas
sequencias proteicas. Um dos desafios da genômica
funcional tem sido, portanto, o estudo e a cauterização da
função destas novas sequências. O esclarecimento das
redes de interação proteína-proteína que operam em
determinadas situações é um dos grandes desafios impostos
aos pesquisadores para melhor compreender os
mecanismos que levam ao correto funcionamento dos
organismos. Um dos métodos existentes para o estudo das
interações proteína-proteína disponíveis atualmente é o
sistema duplo-híbrido de leveduras. Como toda metodologia,
esta apresenta uma série de vantagens e limitações. Com
relação ao sistema duplo-híbrido, analise as afirmativas
abaixo.
I. O Sistema duplo híbrido funciona apenas com proteínas
solúveis.
II. Quando aplicada a um organismo eucarionte, a
disponibilidade de uma boa biblioteca de cDNA do
organismo em estudo é um fator crítico para o bom
desempenho desta metodologia.
III. Interações que dependem de modificações pós-traducionais
podem não ser detectadas nesta
metodologia.
IV. Interações fracas, ou muito efêmeras, entre proteínas
tendem a não serem detectadas com a utilização desta
metodologia.
Assinale:
Interessado no estudo funcional de uma proteína quinase receptora, você foi encarregado de preparar uma série de mutações pontuais que pudessem interferir com a atividade desta quinase e com isso contribuir para o esclarecimento de aspectos importantes de sua participação nos processos de transdução de sinal. Sabendo-se que a quinase em questão é do tipo treonina quinase, e que o sítio ativo dessa enzima contém um resíduo de Treonina (Thr418) que ativa a quinase quando sofre auto-fosforilação, assinale abaixo a sequência de mutantes que poderão produzir, respectivamente, uma quinase inativa e uma quinase constitutivamente ativa:
Durante o ciclo de vida de uma célula eucarionte, seu material genético nuclear se estrutura na forma de cromossomas, que podem apresentar diferentes graus de condensação. Analisando o grau geral de compactação desta molécula ao longo do ciclo celular, podemos dizer que nas fases G1, S e Metáfase, respectivamente, o DNA se apresentará um grau de compactação:
Os RNAs mensageiros eucariontes apresentam diferentes regiões, cada uma deles com funções específicas durante o tempo de vida desta molécula. Assinale a alternativa que contém as principais funções das regiões 5' e 3' de um RNA mensageiro:
Assinale a alternativa que explica corretamente o que deve acontecer com uma região de cromatina condensada que tem suas moléculas de Histona H1 fosforiladas:
Trabalhando com o isolamento de um gene de humanos, um
pesquisador desenvolveu duas estratégias de clonagem,
utilizando como sonda um gene homólogo isolado de
camundongos. Na primeira delas, ele utilizou como material
inicial o DNA extraído de culturas de células de fibroblastos,
resultando na obtenção do clone A. Na segunda abordagem,
ele utilizou uma preparação de RNA mensageiro de células
renais, resultando na obtenção do clone B. Considere ambas
as estratégias bem sucedidas que possibilitaram a clonagem
do mesmo gene.
Experimento 1 – caracterização dos elementos que regulam a
expressão tecidual do gene.
Experimento 2 – expressão do gene em bactérias para
purificação da proteína codificada pelo gene isolado.
Experimento 3 – isolamento de genes de proteínas que
interagem com a proteína codificada pelo gene isolado
através do sistema Duplo Híbrido em leveduras.
Selecione o clone que deverá ser utilizado, respectivamente,
para cada um dos experimentos listados acima.
Após a descoberta de um novo tipo de bactéria, isolada em amostras de solo da região amazônica, um grupo de pesquisa iniciou dois projetos multidisciplinares estruturados em rede. No primeiro dos projetos, foi realizado o sequenciamento completo e a anotação do genoma desta nova bactéria. No segundo projeto, foi realizada a análise proteômica da mesma bactéria. Após a finalização dos projetos, os resultados obtidos foram comparados. Com relação a esta comparação, assinale a alternativa correta.
Um dos mais estudados sistemas de regulação da expressão gênica é o do bacteriófago lambda (λ), que possibilita o entendimento em nível molecular do funcionamento de padrões herdáveis da regulação gênica de um comutador que pode alternar-se entre dois estados estáveis de automanutenção. Em relação ao tema, analise as afirmativas a seguir.
I. Após infectar uma célula de E. coli, o bacteriófago lambda (λ), pode desenvolver dois ciclos, um chamado lisogênico, no qual há a integração do DNA viral em sítios específicos do genoma bacteriano e o outro lítico, no qual as funções do fago são intensamente expressas, levando à lise da bactéria e liberação de partículas virais que irão infectar novas células.
II. O gene cI codifica o repressor CI que é responsável pela manutenção do ciclo lítico. A transcrição do gene cI pode ser originada por dois promotores PRM ou PE.
III. O produto mais importante controlado pelo promotor PL é a proteína CRO, uma proteína regulatória com ação antiterminadora em TL. Assinale:
O sistema de expressão heterólogo em E. coli é um método muito empregado para a produção de insumos biotecnológicos seu sucesso depende de muitos fatores: como o vetor de expressão e a sua estabilidade, o uso de promotores fortes, condições de cultivo e principalmente dos métodos disponíveis para a purificação da proteína recombinante expressa. Em relação ao tema, analise as afirmativas a seguir.
I. Os plasmídeos são encontrados em procariotos e possuem genes essenciais a sobrevivência, manutenção e reprodução bacterianas, porém podem conferir vantagens seletivas ao hospedeiro, como resistência a antibióticos, metais pesados, produção de substâncias antibióticas, degradação de compostos aromáticos, imunidade a bacteriófagos, entre outros.
II. Os plasmídeos Col têm sido os mais estudados até o momento, não só porque dirigem a produção de colicina, mas pelo seu grande potencial, como base para construção de vetores de clonagem e expressão.
III. A incompatibilidade plasmidial é uma propriedade utilizada para determinar o grau de proximidade entre os vários plasmídeos existentes. Incompatibilidade é a inabilidade de dois plasmídeos co-residentes serem estavelmente mantidos na mesma célula, na ausência de seleção externa.
Assinale:
As endonucleases de restrição são proteínas de grande importância dentro da tecnologia do ADN recombinante, sendo fundamentais, por exemplo, na análise da estrutura dos cromossomos, seqüenciamento de longas moléculas de ADN, isolamento de genes e na criação de novas moléculas de ADN que podem ser posteriormente clonadas em distintos tipos de vetores. Em relação ao tema, analise as afirmativas a seguir.
I. Um pedaço de ADN, produzido pela ação de uma enzima de restrição, também pode ser clivado especificamente em fragmentos menores por ação de outra enzima de restrição.
II. A maioria das enzimas de restrição reconhece sequências de dois a seis pares de bases e hidrolizam uma ligação fosfodiéster na fita de ADN, a exemplo da Pst I que é um palíndromo.
III. As enzimas de restrição são amplamente encontradas em uma grande variedade de procariotos. Sua função básica é reconhecer uma sequência de bases específica na fita simples de ADN em lugares determinados, fazendo cortes no eixo de simetria abruptos ou cortes assimétricos coesivos.
Assinale:
Um fragmento de ADN, contendo um gene humano, por exemplo, pode ser unido ao ADN de um vetor e a nova molécula de ADN formada pode então ser introduzida numa célula hospedeira (por exemplo, uma bactéria). O vetor utilizado desta maneira é chamado vetor de clonagem e o ADN propagado por inserção num destes vetores é chamado de clone. Em relação ao tema, analise as afirmativas a seguir.
I. Os vetores de clonagem são pequenas moléculas lineares de ADN fita dupla, derivados de plasmídeos maiores que ocorrem naturalmente nas células bacterianas.
II. Os vetores de clonagem possuem um sítio único de clonagem, permitindo a inserção sítio-específica de outra molécula de ADN (o inserto).
III. O vetor de expressão tem como objetivo gerar o produto gênico, ou seja, o gene de interesse é clonado no vetor de expressão e assim é possível se obter a expressão de um insumo biotecnológico como a insulina, por exemplo.
Assinale:
A biotecnologia ocupa uma posição cada vez mais importante na produção de medicamentos, em geral inovadores e relevantes no tratamento de doenças críticas. Estes medicamentos são chamados também de biofármacos (proteínas terapêuticas). Em relação ao tema analise as afirmativas a seguir:
I. Se as proteínas terapêuticas não forem bem caracterizadas quanto a sua estabilidade, podem ser degradadas e gerarem reações imunogênicas de alto impacto na sua efetividade como eventos adversos.
II. O tamanho da estrutura molecular das proteínas terapêuticas é da ordem de 100 vezes maior que a estrutura de uma molécula química. O tamanho e a complexidade da estrutura destas proteínas conferem características tridimensionais relevantes para a sua atividade biológica.
III. O princípio ativo de uma proteína terapêutica é fortemente dependente do processo de purificação. Assume-se que pequenas mudanças na conformação de uma proteína amplamente conhecida (insulina), oriundas do processo de purificação, não afetam sua antigenicidade e consequentemente sua imunogenicidade.
Assinale:
A maioria das proteínas de uso terapêutico consiste de moléculas complexas e glicosiladas expressas em diferentes sistemas de expressão e linhagens celulares. Em relação ao cultivo de células transfectadas em biorreatores, analise as afirmativas a seguir:
I. No monitoramento dos cultivos celulares em biorreatores, parâmetros como: temperatura, pH, concentração de oxigênio dissolvido e nutrientes, são medidos on-line nos controles de processo realizados durante o cultivo.
II. Assim como no cultivo de células procarióticas, as células eucarióticas nos biorreatores possuem resistência mecânica e o monitoramento das taxas de transferência de oxigênio não chega a ser fator limitante nos cultivos contínuos.
III. Os sistemas de controle da temperatura utilizados em cultivos celulares são a manta térmica envolvendo o biorreator e os consagrados encamisamentos por água com sensor de temperatura.
Assinale:
Assinale a afirmativa incorreta:
Sobre as boas práticas laboratoriais relacionadas à rotina de
diagnóstico molecular por PCR, analise as afirmativas a
seguir.
I. A única área que deve ser separada fisicamente das
demais, no laboratório que realiza diagnóstico molecular
por PCR, é a área onde é realizada a extração de ácidos
nucléicos a partir das amostras clínicas.
II. O fluxo de trabalho, no laboratório que realiza diagnóstico
molecular por PCR, deve ser sempre a partir da área livre
de DNA para a área onde os tubos das reações finais de
PCR são abertos ou manipulados (área que contem
amplicons).
III. Para a pipetagem das misturas de PCR, diluição de
oligonucleotídeos, etc, não é necessária a utilização de
ponteiras com barreira.
Assinale:
Os seguintes componentes essenciais são requeridos em uma reação de PCR, exceto:
O estabelecimento de uma reação de PCR para o
diagnóstico molecular de agentes infecciosos a partir de
amostras biológicas muitas vezes apresenta como maior
dificuldade a amplificação específica do fragmento genômico
do patógeno de interesse. As afirmativas a seguir enumeram
possibilidades para aumentar a especificidade da reação.
I. Aumento da concentração de deoxinucleotídeo na reação
de PCR.
II. Aumento da concentração da DNA polimerase na reação
de PCR.
III. Realização de reações de PCR aninhadas (PCR-nested),
utilizando par de iniciadores mais externos à região de
interesse na primeira reação, seguido da utilização de par
de iniciadores mais internos.
Assinale:
Para a realização de PCR diagnóstico, utiliza-se
frequentemente iniciadores degenerados ou contendo
inosina como base nitrogenada a fim de maximizar a chance
de detecção em amostras clínicas do ácido nucléico de
patógenos que apresentem alta taxa de polimorfismos. Sobre
o tema, analise as afirmativas a seguir.
I. Iniciadores degenerados são misturas de
oligonucleotídeos apresentando diferenças nos
nucleotídeos em várias posições.
II. A inosina é uma base que pareia somente com adenina e
timina.
III. Não é possível sintetizar iniciadores degenerados e que,
ao mesmo tempo, contenham inosina.
Assinale:
Sobre a utilização da técnica de PCR com a finalidade de
diagnóstico molecular, analise as afirmativas a seguir.
I. Uma vez que na reação de PCR se utiliza uma DNA
Polimerase dependente de DNA, somente os vírus cujo
genoma é constituído por DNA podem ser detectados
pela técnica de PCR.
II. É possível detectar microorganismos diferentes em uma
mesma reação de PCR, desde que se utilize na reação
pares de iniciadores específicos para cada
microorganismo que se queira detectar.
III. A utilização da técnica de PCR para diagnóstico
molecular terá sempre e somente caráter qualitativo.
Assinale:
Sobre a técnica de PCR em Tempo Real, assinale a afirmativa incorreta.
A análise das seqüências integrais de cromossomos bacterianos permitiu a constatação de que a maioria, se não todos, são estruturas em mosaico, compreendendo genes conservados além de múltiplas seqüências inseridas de diferentes origens. São exemplos dessas seqüências, exceto:
O agrupamento de genes que codificam proteínas com funções relacionadas constitui-se em uma unidade transcricional denominada:
Durante os estágios iniciais de um processo infeccioso, as bactérias precisam expressar adesinas permitindo a ligação às células do hospedeiro. Após essas etapas, a expressão de exotoxinas e fatores de evasão precisa ser regulada positivamente, com concomitante repressão dos fatores de colonização. A regulação da expressão de fatores de virulência pode ser controlada por diferentes mecanismos, por exemplo, sistemas de transdução de sinal de dois componentes. São exemplos desses sistemas, exceto:
O arranjo taxonômico mais recente, e aceito por muitos
autores, das micobactérias segue as propostas iniciais do
International Working Group on Mycobacterial Taxonomy
(IWGMT). As propostas incluíam estudos polifásicos com
diferentes propriedades biológicas das espécies tais como
caracterizações quimiotaxonômica e filogenética. Sobre os
bacilos micobacterianos de crescimento lento potencialmente
patogênicos, de uma das categorias sugeridas pelo IWGMT,
analise as afirmativas a seguir.
I. O complexo M. avium–intracellulare inclui M. avium subsp.
avium, M. avium subsp. paratuberculosis (Map), M. avium
subsp. silvaticum, e M. intracellulare, que constituem o
grupo III de Timpe & Runyon (1954) e são distribuídas em
“serovares". Tais espécies (ou subespécies) são
consideradas patógenos potenciais em seres humanos,
algumas patógenos obrigatórios como M. avium subsp.
silvaticum.
II. A espécie M. kansasii consiste em um dos três principais
patógenos micobacterianos de crescimento lento
frequentemente isolados de pacientes imunocompetentes
ou imunocomprometidos com doença pulmonar no
mundo. A espécie pode ser subdividida em cinco
genótipos baseados em técnicas moleculares de análise
de fragmentos após restrição enzimática e hibridização
com sondas IS1652. Estudos filogenéticos indicam maior
homologia (similaridade) com dessa espécie com M.
gastri.
III. Dentre bacilos micobacterianos não pertencentes ao
complexo M. tuberculosis e não patogênicos, estão M.
genavense, M. haemophilum, M. malmoense, M. marinum
e M. simiae.
Assinale:
De maneira semelhante ao ocorrido recentemente com
outros grupos bacterianos, o número de espécies novas
descritas para as micobactérias de crescimento rápido
(MCR) tem aumentado significativamente nas últimas
décadas, dificultando uma classificação confiável em
laboratórios de rotina. Em alguns casos, as novas espécies
foram propostas com base um único isolamento ou em um
número pequeno de cepas isoladas. Sobre os aspectos
taxonômicos recentes de MCRs, analise as afirmativas a
seguir.
I. Os estudos taxonômicos envolvendo a filogenia entre
membros de MCR têm sido baseados na análise de
sequências dos genes 16S rRNA, 23S rRNA, hsp65 e
aquele codificante para RNA polimerase.
II. A técnica de hibridização DNA-DNA consiste na
metodologia de maior acurácia na determinação de
espécies de MCRs, apesar de ser laboriosa e atualmente
realizada em centros de referência internacionais,
justificando a busca de alternativas por diferentes
laboratórios de pesquisa.
III. Os complexos taxonômicos descritos para MCRs
consistem em (i) Grupo M. fortuitum, composto por M.
fortuitum, M. peregrinum, M. mucogenicum e M.
senegalense; (ii) Grupo M. chelonae-M. abscessus,
composto pelas espécies M. chelonae, M. abscessus, M.
bolletii, M. massiliense e M. immunogenum; e (iii) Grupo
M. smegmatis, constituído por M. smegmatis, M. goodii e
M. wolinskyi.
Assinale:
Vários sistemas foram descritos para identificação genotípica
de cepas micobacterianas isoladas de espécimes clínicos,
incluindo as diferentes espécies do complexo M.
tuberculosis. Sobre os princípios e as aplicações dos
sistemas para a identificação de micobactérias, analise as
afirmativas a seguir.
I. As técnicas baseadas apenas em reação de
polimerização em cadeia com iniciadores específicos
para as deleções genômicas RD de M. tuberculosis como
RD1, RD4, RD9, RD12, discriminam as espécies M.
tuberculosis e M. bovis (incluindo a espécie M. bovis
BCG) bem como outras espécies do complexo.
II. Espécies do complexo M. tuberculosis podem ser
diferenciadas pelo teste AccuProbe (GenProbe Inc., San
Diego, California, EUA), que consiste em sondas
marcadas com éster de acridina. Esse mesmo sistema
pode também ser aplicado na identificação de cepas do
complexo M. avium e M. kansasii.
III. Os sistemas INNO-LiPA Mycobacteria version 2
(Innogenetics, Ghent, Bélgica) GenoType Mycobacteria
(Hain Lifescience, Nehren, Alemanha) consistem em
hibridização reversa de produtos de reação de
polimerização em cadeia biotinilados aos seus
fragmentos complementares presentes em “tiras" de
membrana. Ambos permitem a identificação molecular de
acima de 10 espécies de micobactérias. Uma
desvantagem do sistema é a impossibilidade de uso em
cepas cultivadas em meios líquidos.
Assinale:
Em 1993, Telenti e colaboradores propuseram um método para identificação molecular rápida de micobactérias com a restrição por endonucleases de uma sequência parcial do gene hsp65, seguida da análise do polimorfismo dos fragmentos resultantes, denominada PRA-hsp65. Considerando conceitos e aspectos técnicos da metodologia citada, assinale a alternativa incorreta.
Devido ao crescimento lento de algumas micobactérias,
metodologias moleculares rápidas com sequenciamento de
genes consistem em procedimentos adequados de
aplicação em laboratórios de referência e de rotina visando a
identificação de micobactérias. Sobre a aplicabilidade da
técnica para a identificação de micobactérias, analise as
afirmativas a seguir.
I. Os pares M. kansasii e M. gastri, M. ulcerans e M.
marinum, M. shimoidei e M. triviale, e M. abscessus e M.
chelonae não podem ser diferenciados por sequências
do gene rrs.
II. Em cepas cultivadas em meio sólido, a extração de DNA
e a reação de polimerização em cadeia, para posterior
sequenciamento gênico, apresentam resultados
reprodutíveis e de precisão superior àqueles realizados a
partir de cepas cultivadas em meio líquido.
III. Para a identificação de espécies de micobactérias não
tuberculosas de crescimento rápido, os alvos incluem os
genes dnaJ, hsp65, gyrB, 16S rDNA, secA1, sod ou a
sequência ITS 16S-23S.
Assinale:
Dentre as novas e eficazes técnicas de detecção molecular
de Mycobacterium tuberculosis, a metodologia denominada
Gene XPert (Cepheid) apresenta os aspectos mais
promissores, especialmente devido a redução do tempo de
detecção do patógeno, inclusive da resistência a rifampicina.
Sobre o tema, analise as afirmativas a seguir.
I. O método XPert MTB/RIF consiste em um método
automatizado utilizando um ensaio baseado em reação
de polimerização em cadeia baseado em hemi-nested
real time para amplificação parcial do gene rpoB e
hibridação.
II. O teste é realizado em até duas horas, utilizando uma
plataforma XPert MTB/RIF com integração do
processamento do espécime e PCR em um único
recipiente, contendo todos os reagentes para
amplificação e detecção do produto amplificado.
III. O método exige a realização de etapas de lise bacteriana
e extração do DNA por meio de protocolo simplificado
anterior à utilização do cartucho para amplificação e
detecção do produto amplificado.
Assinale:
Analise as afirmativas a seguir sobre a amplificação de DNA
Antigo (de subfósseis, de material de coleções, etc.).
I. Com a DNA polimerase de uma extremófila, a técnica de
PCR possibilitou a amplificação, a partir de uma única
sequência, de DNA para níveis sequenciáveis.
II. A principal dificuldade na amplificação de DNA Antigo é a
diferença na qualidade do DNA alvo e do DNA
contaminante, necessitando testes de xenologia para
garantir a origem do DNA amplificado por PCR.
III. O teste apresenta maiores dificuldades quando o DNA
alvo vem de organismos próximos filogeneticamente ao
de espécies que contaminariam a amostra, como
humanos.
Assinale:
Mutações são consequência de erros da enzima DNA polimerase e todos os genes codificadores de proteínas de um mesmo genoma são polimerizados pela mesma enzim. Assim, a melhor explicação da razão de porque genes diferentes apresentam taxas diferentes de evolução molecular é a de que:
Sobre as taxas de transições (s) e de transversões (v), é correto afirmar que:
A respeito dos genomas, analise as afirmativas a seguir.
I. O paradoxo do valor de C (C-value paradox, em inglês) é
observação da relação inversa entre tamanho do genoma
e complexidade do organismo, pois alguns protistas
apresentam os maiores genomas já descobertos.
II. A teoria dos abrigos seguros (safe haven theory, em
inglês) sugere que transposons têm tendência a se
deslocar para locais com poucos genes no genoma.
Assim, genomas grandes e cheios de transposons
tendem a crescer mais rápido do que genomas
pequenos.
III. Cromossomos B são cromossomos supranumerários,
não essenciais que estão presentes no genoma de
animais, plantas, e outros organismos.
Assinale:
Alguns autores hoje encaram o sequenciamento do genoma
humano como um dos feitos mais importantes da
humanidade. Entretanto, quando as metas e o custo
estimado do projeto genoma humano foram divulgados,
muitas questões apareceram sobre o propósito de gastar
uma quantidade expressiva de dinheiro para sequenciar o
genoma humano. A resposta mais frequente na mídia
versava sobre o fato de que o sequenciamento do genoma
humano iria nos ajudar a entender o que nos torna humanos.
Sobre o tema, analise as afirmativas a seguir.
I. A variabilidade interespecífica é uma questão importante
nesses casos, pois um único genoma não irá ilustrar a
diversidade genética da população humana.
II. O sequenciamento do Homo neanderthalensis publicado
em 2010 sugeriu que houve cruzamento deste hominídeo
com Homo sapiens fora do continente africano.
III. Um problema da anotação dos primeiros
sequenciamentos de genoma humano é o fato de terem
sido feitos com base em buscas de homologia com o
genoma de Caenorhabditis elegans, que não apresenta
ancestral comum com humano.
Assinale:
Células procariontes e eucariontes diferem em estrutura celular, nos processos moleculares e, naturalmente, em conteúdo gênico. Dentre as maiores dificuldades em conseguir a expressão de genes eucariontes em células procariontes está o fato de que:
Sobre a comparação de entre genomas de eucariontes e procariontes e assinale a afirmativa incorreta.
O DNA é composto por duas cadeias de nucleotídeos lado a lado retorcidos sob a forma de uma dupla hélice. Sobre a estrutura do DNA, assinale a alternativa incorreta.
Durante a replicação do DNA são formados os fragmentos de Okazaki. Indique, dentre as sentenças que discorrem sobre os fragmentos de Okazaki, a incorreta.
A hibridização subtrativa é um método poderoso para identificação de genes diferencialmente expressos. Assinale a etapa que não faz parte do método usualmente realizado de hibridização subtrativa.
Para o início da transcrição de um gene são necessárias uma região promotora e uma série de proteínas auxiliares. Assinale a alternativa incorreta sobre região promotora e as proteínas necessárias para o início da transcrição em bactérias.
A descoberta do sistema Lac foi crucial para a melhor compreensão de como ocorre a regulação da transcrição gênica. Sobre o sistema Lac, assinale a alternativa incorreta.
Sobre as diferenças e as semelhanças entre a regulação transcricional em bactérias e eucariontes, assinale a alternativa incorreta.
A clonagem de moléculas de DNA envolve a utilização de uma série de enzimas. Sonre essas enzimas e suas respectivas funções, assinale a alternativa incorreta.
As enzimas utilizadas para manipular o DNA podem ser divididas em grupos, dependendo do tipo da reação que elas catalisam. Um grupo de enzimas praticamente não utilizado para manipulação do DNA é o das:
A enzima fosfatase alcalina pode ser muito útil para a produção de moléculas recombinantes. A função desta enzima é:
Umas das técnicas mais utilizadas atualmente para a
comparação de duas populações de RNA é a Hibridização
subtrativa por supressão (Supression subtrative hybridization, SSH do inglês). Sobre o tema, assinale a alternativa incorreta.
Sobre o BLAST, analise as afirmativas a seguir.
I. A identificação de sequências pelo BLAST apresenta um
problema de circularidade associada a identificação.
II. BLAST fornece uma medida do grau de homologia, isto é
ancestralidade comum, entre as duas sequências
comparadas.
III. Uma ferramenta comum para inferência de ortologia entre
duas sequências de genomas diferentes é usando a
ferramenta BBH (Best bi-directional hit, em inglês).
Assinale:
Pongo GACACAACCTCA-ACTAGCGG--------ATAAA
Gorilla TACTAAGCCTAG-GCCTACTCT-----CTATAAT
Pan paniscus TATATATCCTGACACTAATACTAA--TAGAAAAA
Pan troglodites CATCTACCTCCACATTGGTCGCGGT-TTTTACTA
Homo sapiens CAATCGCTGAGTCACCAATCGCTTC-TCCACCCT
Hylobates CTTTCATTACTTAGCAGGTGTTTCCTCCATTCTA
Com base na figura acima, é possível afirmar que as
sequências parciais de primatas:
Analise as seguintes afirmativas sobre bancos de dados
genéticos.
I. Swiss-Prot é um banco manualmente curado não-redundante
de proteínas anotadas em detalhes.
II. GenBank é um banco não-curado não-redundante de
sequências de DNA.
III. UniGENE é um banco não-curado redundante de
sequências de transcritos primários.
Assinale:
Um pesquisador estava fazendo um estudo comparativo
entre genomas de duas espécies de plantas. Em particular,
ele analisou sequências de dois genes não homólogos
codificadores de proteínas. Dentre as metodologias de
análise, ele calculou a proporção de nucleotídeos diferentes
pelo total de nucleotídeos comparados (p).
Sobre o tema, analise as afirmativas a seguir.
I. Quando comparado com íntrons do mesmo gene, os
éxons vão mostrar um p maior entre as espécies de
plantas.
II. As proteínas não homólogas irão mostrar uma
proporção de 25% de aminoácidos idênticos.
III. O numerador de p é exatamente o somatório do número
de transições com o de transversões entre as
sequências.
Assinale:
Um técnico acabou de sequenciar um fragmento de uma
região codificadora de uma enzima para quatro espécies de
roedores. Examinando o alinhamento múltiplo final, a
explicação mais provável para o padrão encontrado é:
Seq. 1: ATG GAA GAA –TT ACA AGG ATA TTT AGA AAA ACC
Seq. 2: ATG GAA GAA ATT ACA AGG ATA TTT AGA AAA ACC
Seq. 3: ATG GAA GAA –TT ACA AGG ATA TTT AGA AAA ACC
Seq. 4: ATG GAA GAA –TT ACA AGG ATA TTT AGA AAA ACC
A explicação mais provável é que:
A maior parte dos algoritmos de alinhamento múltiplo de
sequências faz uso de uma matriz de pontos (dot-matrix).
Na primeira fase do alinhamento par a par, cada par de
sequências é disposto nesta matriz com uma sequência na
primeira linha e a outra na primeira coluna.
Todos os pares possíveis de sequências são analisados na
matriz de pontos, onde um ponto indica ____________ das
duas sequências a serem alinhadas par a par.
Assinale a alternativa que complete corretamente a frase
acima.
Um pesquisador está tentando sequenciar um gene
conservado de um pombo. Entretanto, no momento de
escolher os primers para PCR, ele observou que não dispõe
de primers, para as regiões flanqueadoras do gene,
específicos para Aves. Os primers disponíveis no laboratório
estão os que foram desenhados para as espécies indicadas
nas alternativas.
Assinale a melhor escolha de forma a otimizar a
probabilidade de amplificação do fragmento em questão.
Sobre alinhamentos de sequências de DNA, é correto afirmar que:
A enzima DNA polimerase é responsável pela replicação do DNA, no entanto ela não atua sozinha durante este processo. Assinale abaixo a afirmativa que indica um componente que não atua na replicação do DNA.
Plasmídeos são moléculas circulares de DNA encontrados
em bactérias. Elas são utilizados como vetores para a
clonagem de genes e portanto fundamentais para o estudo
de genes.
Sobre as características típicas encontradas em plasmídeos
utilizados para clonagem, assinale a alternativa incorreta.
Uma série de técnicas são usualmente utilizadas para estudo da expressão de genes. Sobre técnicas de análise da expressão gênica, assinale a alternativa incorreta.
Uma forma de amplificar um fragmento de DNA é a
clonagem em plasmídeo e a transformação de uma cepa
bacteriana para posterior extração do DNA plasmidial. A
classificação mais utilizada para plasmídeos é a baseada em
características do DNA.
Sobre os cinco principais tipos de plasmídeos, assinale a
alternativa incorreta.
Transcriptomas podem ter uma alta complexidade e conter
centenas de milhares de mRNAs diferentes, em diferentes
proporções. Portanto, para caracterização do transcriptoma é
necessário identificar e, idealmente, determinar as
abundâncias relativas de cada transcrito.
Sobre as técnicas mais populares de análise de transcritoma,
assinale a alternativa incorreta.
Dentre as técnicas a seguir, assinale a que não é considerada uma técnica de genômica funcional.
Dentre as sentenças abaixo, selecione aquela que descreve uma etapa não presente no procedimento de uma reação de PCR padrão.
Para o desenho do iniciadores ou oligonucleotídeos para
reação de PCR, algumas orientações precisam ser seguidas
de forma a garantir o sucesso da amplificação.
Selecione dentre as sentenças abaixo aquela que
corresponde a uma orientação errada.
O PCR quantitativo pode ser utilizado para avaliar o nível de
expressão de um determinado gene. No entanto, este ensaio
apresenta um problema frequente que pode distorcer os
resultados, a avaliação da amplificação de uma amostra que
não está mais na fase exponencial de amplificação.
Assinale a alternativa com a melhor opção para resolver esse
problema.
A alternativa que melhor define um gene de referência ou gene normalizador em um PCR quantitativo para avaliação da expressão é um gene:
Sobre as diferenças entre o método didesoxi e o método de utilizado em sequenciadores automáticos, assinale a alternativa incorreta.
Os métodos de normalização são fundamentais para um
experimento bem sucedido de microarranjos de DNA. Estes
métodos são necessários para corrigir uma série de variáveis
intrínsecas do experimento.
Dentre as afirmativas a seguir, assinale a que não
corresponde a uma variável presente em um experimento de
microarranjos de DNA.
O principal problema na extração de RNA é a presença da
enzima RNAse, responsável pela degradação do RNA. Esta
enzima, na maioria das vezes, é derivada do próprio tecido
de onde se objetiva a extração de RNA, mas também pode
ser resultado de uma contaminação externa.
Selecione a alternativa que descreve uma forma ineficaz de
proteção do RNA da ação das RNAses durante a extração.
Microarranjos de DNA produzidos pela técnica de síntese in
situ tem se tornado cada vez mais comum. Sobre a técnica
de síntese in situ, analise as afirmativas a seguir.
I. No método piesoelétrico, quantidades mínimas de líquido
da ordem de picolitros, são depositadas na superfície. No
entanto, a uniformidade do elemento é de pior qualidade
do que os métodos usuais baseados em deposição por
pinos metálicos.
II. A produção de microarranjos de DNA por fotolitografia é
o método usualmente utilizado pela empresa Affymetrix.
III. O método piesoelétrico não permite a impressão direta
em lâminas de vidro de oligonucleotídeos de até 60
nucleotídeos.
Assinale:
O método de microarranjo por deposição de DNA pré-sintetizado é considerado de mais fácil implementação por
instituições sem fins lucrativos como institutos de pesquisa
ou universidades.
Sobre o método, assinale a afirmativa incorreta.