Apenas complementando o comentário do Jose Silva:
Modalidade de Aplicação pode ser entendido como a estratégia de utilização da despesa. As estratégias de aplicação dos recursos são: de forma DIRETA, INDIRETA por meio de Transferência e INDIRETA por meio de Delegação. Modalidade Aplicação está no 3º Nível da Classificação da Despesa quanto à Categoria Econômica. Lembrando que a Categoria Econômica de acordo com o MTO é 8D (8 dígitos):
c.g.mm.ee.dd
Onde:
"c" refere-se à Categoria Econômica; 1º Nível da classificação quanto à natureza
"g" refere-se ao Grupo da Natureza de Despesa - 2º Nível da classificação quanto à natureza
"mm" refere-se à modalidade de aplicação - 3º Nível da classificação quanto à natureza
"ee" refere-se ao Elemento da Despesa 4º Nível da classificação quanto à natureza
"dd" refere-se ao subelemento ou desdobramento FACULTATIVO do Elemento da Despesa
O conjunto de informações que formam o código é conhecido como classificação por natureza da despesa e informa a categoria econômica
da despesa (1º código), o grupo (2º código) a que ela pertence, a modalidade de aplicação (3º e 4º códigos) e o elemento da despesa
(5º e 6º códigos).
Transferências à união está no 3º Nível da classificação e é codificado pelo 3º e 4º código (20).
Fonte: Giovanni Pacelli