A pode atuar de três modos diferentes sobre as características, dependendo dos fenótipos que são favorecidos na população. Estas três formas de seleção são chamadas de seleção direcional, seleção disruptiva e seleção estabilizadora.
A seleção estabilizadora é o modo de seleção mais comumente encontrado na natureza. Neste caso a seleção natural atua contra os dois fenótipos extremos e favorece os intermediários. Um exemplo clássico desse tipo de seleção é a associação entre a frequência do alelo responsável pela e a ocorrência da malária em algumas regiões da África. A anemia falciforme é uma doença determinada por um alelo recessivo (s). Por ser uma doença grave, seria esperado que o alelo s fosse raro na população. Entretanto, em algumas regiões da eles ocorrem numa frequência muito maior que a esperada, pois há uma pressão seletiva que favorece o caráter intermediário – o heterozigoto Ss – por este conferir maior resistência à
O homozigoto ss não têm resistencia a malária e o homozigoto SS tem anemia grave, ambos sofrem pressão evolutiva negativa.
A seleção balanceadora refere-se a vários pelos quais múltiplos (diferentes versões de um ) são activamente mantidos no de uma em frequências maiores do que o esperado se apenas actuasse . Isso pode ocorrer por vários mecanismos, em particular quando os para os alelos considerados têm uma mais alta que o . Desta forma, é conservado.
Evidências para a selecção balanceadora podem ser encontradas no número de alelos em uma população mantida acima das frequências da taxa de mutação. Toda a investigação moderna mostrou que essa variação genética significativa é ubíqua em populações .
Existem vários mecanismos (que não são exclusivos em uma determinada população) pelos quais o equilíbrio de seleção funciona para manter o polimorfismo. Os dois principais e mais estudados são a e a .