A desinfecção da água é feita para eliminar os micro-organismos patogênicos nela presentes, e o cloro é o mais importante entre todos os elementos utilizados nessa desinfecção. Outros métodos químicos de desinfecção poderiam ser utilizados em sistemas públicos de abastecimento, como o iodo e a prata, porém apresentam restrições de caráter prático. As restrições nesses casos são, respectivamente: